Esta é uma dica relativamente simples, mais uma curiosidade que descobri fuçando nos fóruns do pinguim, ultimamente tenho tido pouco essa necessidade (juntar/separar arquivos) das vezes que precisei recorri sempre ao HJSplit, porém a versão para o Windows, sem queixas ele roda perfeitamente com o Wine, mas descobri que existe uma versão nativa para o nosso sistema (Linux).
Você pode baixa-la pelo site do projeto, existe uma versão com código fonte para ser compilado e existe também uma versão em JAVA que funciona independente do Sistema.
Mais uma dica, fui! =)