O novo ( e enchuto ) Nautilus foi tema de discução a alguns meses, o próprio Ubuntu 12.10 que deveria vir com o Nautilus 3.6 decidiu usar a versão 3.4 por enquanto pela maneira com que o navegador de arquivos que acompanhou o Ubuntu todos estes anos ficou nas últimas atualizações.
Realmente agradar a todos é uma coisa muito difícil, o próprio Unity que vem sendo sustentado e lapidado versão após versão ainda gera controvérsias entre os usuários.
Se você não está nem ai para essas especulações poderá instalar o Nautilus 3.6, versão atual, no Ubuntu 12.10 com um simples PPA:
Instalação
No terminal faça:
sudo add-apt-repository ppa:gnome3-team/gnome3
sudo apt-get update
sudo apt-get install nautilus
Uma dica extra, é que se você não quiser mais saber do Nautilus, faça como o pessoal do Linux Mint e use o fork desenvolvido pelo time do Linux Elegante, o Nemo.